연구의 참신성을 말하고자 할 때
연구의 참신성(novelty)을 설명하기 위해서 해당 연구가 이전에는 시도된 적이 없는 미개척 영역임을 나타내는 표현들을 많이 씁니다. “이 부분은 현재까지 연구가 잘 되어있지 않다.”
- “An extensive repertoire of modifications is known to underlie the versatile coding, structural and catalytic functions of RNA, but it remains largely uncharted territory.” (Dominissini et al., Nature Methods, 2012)
또는 반대로 ‘이에 대한 연구는 일부분에만 국한되어 있다.’라는 형식으로 쓰는 경우도 있다.
- “The modified base 5-methylcytosine (m5C) is well studied in DNA, but investigations of its prevalence in cellular RNA have been largely confined to tRNA and rRNA.” (Squires et al., NAR, 2012)
‘앞으로 우리가 보일 연구 결과 없이는 해당 부분에 대해서는 알 수 없다.’라는 표현으로 접근하는 경우도 있습니다.
- “However, without evidence of naturally occurring mRNA pseudouridylation, its physiological relevance was unclear.” (Carlile et al., Nature, 2014)
연구 분야의 중요성을 설명할 때
연구하고 있는 분야의 중요성을 설명하기 위해 다양한 방법이 사용됩니다. 세포 내에서 가장 빈번히 일어나는 현상이라든가, …
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“Post-transcriptional modification of RNA nucleosides occurs in all living organisms.” (Carlile et al., Nature, 2014)
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“N6-methyladenosine (m6A) is the most abundant internal modification in eukaryotic messenger RNA (mRNA)” (Lin et al., NAR, 2017)
이 논문에서 말하고자 하는 내용
주로 ‘Here,’라는 부분으로 시작된다. 전체적으로 논문이 어떤 내용을 말하고자 하는지는 구조적으로 이 부분만 잘 찾으면 빠르게 훑어볼 수 있습니다.
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“Here we present a comprehensive analysis of pseudouridylation in Saccharomyces cerevisiae and human RNAs using Pseudo-seq.” (Carlile et al., Nature, 2014)
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“Here, we develop PARIS, a method based on reversible psoralen crosslinking for global mapping of RNA duplexes with near base-pair resolution in living cells.” (Lu et al., Cell, 2016)
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“Here, we show that m6A increases the accessibility of its surrounding RNA sequence to bind heterogeneous unclear ribonuclearprotein G (HNRNPG).” (Lin et al., NAR, 2017)
연구를 통해 주장하거나 제안하고 싶은 내용
매커니즘을 새롭게 제안한다던가,
- “These results suggest a mechanism for the rapid and regulated rewiring of the genetic code through inducible mRNA modifications.” (Carlile et al., Nature, 2014)
논문이 시사하는 바에 대한 정리
우리가 찾은 데이터로 미루어 볼 때, 이것은 세포에서 더욱 일반적인 역할을 할 것이라는 시사를 하는 경우
- “Our data demonstrates the widespread presence of modified cytosines throughout coding and non-coding sequences in a transcriptome, suggesting a broader role of this modification in the post-transcriptional control of cellular RNA function.” (Squires et al., NAR, 2012)
microRNA 에 대한 설명
- miRNA
그림이나 내용의 출처 표시
- Figure adapted from Beerli et al., 1998.
Conserved non-coding elements: developmental gene regulation meets genome organization (Polychronopoulos et al., NAR, 2017-11)
우리가 흔히 유전자라고 했을 때는 단백질을 만들어내는 유전자만 생각하기 쉽지만, 단백질을 만들어내지 않는 유전자들도 있다. 지금까지 단백질을 만들어 기능하는 유전자들이 많이 연구되어 왔으며 주로 이러한 유전자들이 종간 보존도가 높은 것으로 알려져 왔다. 하지만 단백질을 암호화 하고 있는 엑손 부위들 보다도 종간 보존도가 높은 비 암호화 서열(conserved non-coding elements, CNEs)이 자주 발견되고 있는데, 이를 유전체 수준에서 밝히고자 하는 노력들을 언급한 리뷰가 나왔다. 이런 CNEs 라고 불리우는 이러한 요소들은 염색체 상에 무작위로 배열되어 있지 않고 다세포 생물의 발달과 분화를 조절하는 유전자들 부근에 몰려 있는 경향이 있다고 한다.
CNEs are organized into functional ensembles called genomic regulatory blocks–dense clusters of elements that collectively coordinate the expression of shared target genes, and whose span in many cases coincides with topologically associated domains. CNEs display sequence properties that set them apart from other sequences under constraint, and have recently been proposed as useful markers for the reconstruction of the evolutionary history of organisms.
Disruption of several of these elements is known to contribute to diseases linked with development, and cancer.
The emergence, evolutionary dynamics and functions of CNEs still remain poorly understood, and new approaches are required to enable comprehensive CNE identification and characterization.
Here, we review current knowledge and identify challenges that need to be tackled to resolve the impasse in understanding extreme non-coding conservation.