Review Papers
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2011-02, Huntzinger, Nature Reviews Genetics, Gene silencing by microRNAs, contributions of translational repression and mRNA decay
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2010-10, Garzon, Nature Reviews Drug Discovery, Targeting microRNAs in cancer: rationale, strategies and challenges
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2009-01, Bartel, Cell, MicroRNAs: Target Recognition and Regulatory Functions
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2008-02, Filipowicz, Nature Reviews Genetics, Mechanisms of post-transcriptional regulation by microRNAs: are the answers in sight?
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2007-05, Nilsen, Trends in Genetics, Mechanisms of microRNA-mediated gene regulation in animal cells
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2004-01, Bartel, Cell, MicroRNAs: Genomics, Biogenesis, Mechanism, and Function
Research Papers
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2016-10, Kim, Nature Genetics, General rules for functional microRNA targeting: 현재까지 알려졌던 4종류의 canonical site types(8mer, 7mer-m8, 7mer-A1, 6mer)외에 추가적인 non-canonical site types(NSTs)을 발견하였다. 인간의 mRNA sequence와 miRNA sequence 사이에 일어날 수 있는 가능한 모든 base-pairing 경우에 대해 통계적 테스트를 거쳐 NSTs를 찾아내었다.
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2015-08, Agarwal, Bartel, eLife, Predicting effective microRNA target sites in mammalian mRNAs: TargetScan v7.0
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2012-04, Djuranovic, Science, miRNA-Mediated Gene Silencing by Translational Repression Followed by mRNA Deadenylation and Decay: Drosophila S2 세포에서 miRNA에 의한 transaltional repression 관찰. Protein level을 측정할 수 있는 luciferase reporter assay와 RNA level을 측정할 수 있는 qRT-PCR을 이용하여 mRNA degradation이 일어나기 전에 translational repression이 일어나는것을 확인했다. Rachel Green’s lab의 연구 결과.
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2012-04, Bazzini, Science, Ribosome Profiling Shows That miR-430 Reduces Translation Before Causing mRNA Decay in Zebrafish: Zebrafish embryo에서 miR-430에 의한 gene silencing이 translational repression에 의해 촉발된다. Antonio Giraldez’s lab의 연구 결과.
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2011-10, Garcia, NSMB, Weak seed-pairing stability and high target-site abundance decrease the proficiency of lsy-6 and other microRNAs: miRNA의 기능은 target site가 적을수록, seed pairing이 안정될수록 더 높아진다. (TA and SPS in microRNA targeting)
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2010-08, Guo, Nature, Mammalian microRNAs predominantly act to decrease target mRNA levels: 동물 miRNA는 translational repression보다는 주로 mRNA degradation을 통해 작용한다. mRNA-Seq 데이터와 RPF-Seq 데이터를 같이 비교하여 protein output이 감소하는 원인이 어떤 조절단계에 있었는지를 알아내었다.
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2010-06, Shin, Molecular Cell, Expanding the MicroRNA Targeting Code, Functional Sites with Centered Pairing: 새로운 miRNA targeting rule인 centered pairing을 찾아냈다. miRNA의 5’end를 기준으로 4-14번째 또는 5-15번째의 nucleotides가 target mRNA와 결합하는 경우이다. 11종류 miRNA transfection 데이터를 분석하여 얻은 결과이다.
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2009-01, Friedman, Genome Research, Most mammalian mRNAs are conserved targets of microRNAs: 새로운 site type인 offset 6mer를 발견했다. miRNA의 2-7번째 nucleotides의 pairing이 이루어지는 기존의 canonical 6mer와는 달리 1-6번째 nucleotides의 pairing이 이루어지는 경우(offset 6mer)에도 miRNA targeting이 동작한다.
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2008-09, Baek, Bartel, Nature, The impact of microRNAs on protein output: desc
- 2007-07, Grimson, Molecular Cell, MicroRNA Targeting Specificity in Mammals: Determinants Beyond Seed Pairing: microRNA targeting specificity를 결정하는데 있어서 seed pairing 외에 또 다른 요소들은 무엇이 있을까? 11종류의 miRNA들을 이용한 실험과 분석을 바탕으로 miRNA targeting specificity에 도움을 주는 5가지 추가적인 요소들을 밝혀내었다.
- AU-rich nucleotide composition near the site. (local AU)
- Proximity to sites for coexpressed miRNAs (which leads to cooperative action).
- Proximity to residues pairing to miRNA nucleotides 13-16.
- Positioning within the 3’UTR at least 15 nt from the stop codon.
- Positioning away from the center of long UTRs.
- 2005-01, Lewis, Cell, Conserved seed pairing, often flanked by adenosines, indicates that thousands of human genes are microRNA targets: desc
Commentaries
- 2012-09, Hu, Cell Research, What comes first: translational repression or mRNA degradation? The deepening mystery of microRNA function: miRNA의 작용이 translational repression이 먼저 일어나는지 아니면 mRNA degradation이 먼저 일어나는지에 대한 질문을 연구한 back-to-back 논문을 소개하는 글. 2012년 4월, Science에 Rachel Green lab의 논문과 Antonio Giraldez의 논문이 같이 실렸다. 두 논문 모두 miRNA에 의해 mRNA degradation이 일어나기 전에 translational repression이 선행된다는 동일한 결론을 얻었다고 소개하고 있다.