Review Papers

• 2017-03, Lewis, Nature Reviews MCB, RNA modifications and structures cooperate to guide RNA-protein interactions: RNA와 RBP와의 상호작용에 있어 RNA sequence 외에도 RNA modification이나 RNA secondary structure가 영향을 줄 수 있다. 그리고 이러한 요인들은 상호 의존적으로 동적으로 변화하면서 영향을 미친다.

• 2014-12, Gerstberger, Nature Reviews Genetics, A census of human RNA-binding proteins: 인간 세포에서 발현되는 RBP는 1,542 종류가 될 만큼 많다.

• 2012-02, Konig, Ule, Nature Reviews Genetics, Protein-RNA interactions, new genomic technologies and perspectives: RNA binding landscape를 살펴볼 수 있는 technology인 PAR-CLIP, CLIP-Seq, iCLIP-Seq에 대한 설명과 비교

• 2007-06, Lunde, Varani, Nature Reviews, RNA-binding proteins - modular design for efficient function: RNA-binding protein의 multiple modules이 biological function을 나타내는 데 있어 어떻게 기본적인 구조를 형성하는지에 대한 리뷰. 다양한 RNA-binding domains에 대한 설명을 찾아볼 수 있다. - RRM, KH, dsRBD, ZnF-CCHH, ZnF-CCCH, S1, PAZ, PIWI, TRAP, Pumilio, SAM

• 2002-03, Dreyfuss, Nature Reviews MCB, Messenger-RNA-binding proteins and the messages they carry: HnRNP and mRNP proteins, mRNA splicing, NMD

Research Papers

• 2017-05, Lee, NAR, WIG1 is crucial for AGO2-mediated ACOT7 mRNA silencing via miRNA-dependent and -independent mechanisms: miRNA 도움 없이 RNA 결합 단백질만으로도 전사체 발현을 조절할 수 있다는 내용의 연구결과.
  • 연합뉴스, 2017-07-21, 새로운 형태의 유전자 발현 조절 방법 규명… 인하대 연구팀

• 2016-10, Taliaferro, Molecular Cell, RNA Sequence Context Effects Measured In Vitro Predict In Vivo Protein Binding and Regulation: RBP-binding motifs 중 대부분이 RBP에 의해 결합되지 않는 현상이 종종 관찰된다. 왜냐하면 RNA secondary structure가 RBP binding에 큰 영향을 미치기 때문이다. RNA 상에 RBP-binding motif가 존재하더라도 이 부분이 강한 hairpin structure의 stem-loop 구조 속에 숨어있다면 이는 RBP가 제대로 결합할 수 없다.

• 2016-03, Nostrand, Yeo, Nature Methods, Robust transcriptome-wide discovery of RNA-binding protein binding sites with enhanced CLIP: iCLIP-Seq 보다 더 정확한 eCLIP-Seq 프로토콜에 관한 논문. Amplification 과정을 줄여 PCR duplicate reads를 없애고 size-matched input을 control로 사용함으로써 peak calling시에 더욱 정확도를 높였다. K562와 HepG2의 인간 세포주에서 100 종류 이상의 RBP들에 대한 eCLIP-Seq 데이터를 만들어 ENCODE project에 공개해 놓았다.

• 2014-06, Lambert, Molecular Cell, RNA Bind-n-Seq: Quantitative Assessment of the Sequence and Structural Binding Specificity of RNA Binding Proteins: RBNS(RNA Bind-n-Seq)을 이용하여 RBP들의 binding motifs를 밝혀낸 resource 논문. RBNS는 random 20nt RNA pool에 특정 RBP를 넣어주고 pull down하여 어떤 RNA sequence를 가진 RNA들이 enrich되었는지를 보는 in vitro assay 방법이다. ENCODE project에서 데이터를 확인할 수 있다.

• 2013-07, Ray, Nature, A compendium of RNA-binding motifs for decoding gene regulation: 24종류의 eukaryotes의 200개 이상의 RBP들에 대한 RNA-binding motifs를 찾아본 연구. RRM과 KH 도메인 단백질의 binding motifs가 무엇인지를 RNAcompete라는 방법을 사용하여 알아내었다.

Research Groups

• Matthias Hentze (EMBL): RNA biology, Metabolism and molecular medicine. mRNA interactome capture (Castello et al., Cell, 2012), RBDmap (Castello et al., Molecular Cell, 2016), enigmRBPs (Beckmann et al., Nature Communications, 2015), REM networks (Hentze & Preiss, 2010)

• Chaolin Zhang (Columbia University): Robert Darnell lab에서 postdoc으로 지내며 Rbfox CLIP-Seq 데이터로부터 더욱 정확한 crosslinking sites를 찾아내는 연구를 수행하였고, 지금은 Columbia University에서 신경계에서의 RNA regulatory network에 대해 연구하고 있다.

• Robert Darnell (The Rockefeller University)

Tips for searching

• 구글에서 review, rna-binding protein과 같은 키워드를 넣어 검색해 보면 된다.

• Nature에서는 주제별 검색이 가능하게 되어있다. 주제에 RNA-binding protein이라고 입력한 후 살펴보면 이와 관련된 최근 연구결과들을 살펴볼 수 있다.