유전체 배열에서 연속된 값이 많은 데이터를 저장하기 위해서는 wiggle(.wig) 데이터 포맷을 많이 이용하죠. 하지만 이는 텍스트 기반의 포맷이기 때문에 빠르게 임의 접근(random access)이 불가능합니다. 하지만 wigToBigWig 프로그램을 이용하여 wiggle 포맷을 bigWig 포맷으로 바꾸면 용량도 줄어들 뿐만 아니라 필요한 부분만 빠르게 값을 읽어올 수 있는 임의 접근이 가능해집니다. 주로 GC content, conservation scores, transcriptome 데이터를 저장할 때 유용하게 쓰입니다.
wig 파일을 bw 파일로 변환하기 (wigToBigWig)
wigToBigWig in.wig chrom.sizes out.bw
ENCODE narrowPeak과 broadPeak의 차이
ENCODE에서는 region을 표시하기 위해 narrowPeak이나 broadPeak이라는 bed 포맷을 사용한다. 하지만 narrowPeak은 BED6+4 포맷을 따르고, broadPeak은 BED6+3 포맷을 따른다. 첫 6개 필드(chrom, chromStart, chromEnd, name, score, strand)가 동일하고 추가되는 4개의 필드(signalValue, pValue, qValue, peak) 중에서 3개의 필드가 동일하다. 즉, narrowPeak와 broadPeak의 차이점은 제일 마지막 필드인 peak이 포함되느냐의 여부이다.
그렇다면, 제일 마지막 10번째 필드인 peak은 무엇일까? UCSC Genome Browser FAQ의 narrowPeak 포맷 설명에는 다음과 같이 적혀져 있다.
peak - Point-source called for this peak; 0-based offset from chromStart. Use -1 if no point-source called.
즉, nucleotide 수준에서 chromStart와 chromEnd 사이의 정확한 위치를 딱 집어내기 위해 적어주는 필드이다. 어찌보면 broadPeak에서 하나의 필드가 추가된 형태가 narrowPeak이라고 이해할 수 있겠다.
참고자료: